在發酵過程中，培養基滅菌主要有以下幾個原因：如不滅菌，會使生物反應的基質或產物，因雜菌的消耗而損失，造成生產能力的下降;雜菌也會產生代謝產物，這就使產物的提取更加困難，造成得率降低，產品質量下降;雜菌大量繁殖后，會改變反應液的pH值，使反應異常;有些雜菌會分解產物，使生產失敗;如果發生噬菌體污染，生產菌細胞將被裂解，使生產失敗。

       常見的滅菌方法

(一)化學物質滅菌

　　原理：藥物與微生物細胞中的成分反應，使蛋白質變性酶失活。使用范圍：器皿、雙手和實驗室、無菌室的環境滅菌，不能用于培養基滅菌。

　　常用的滅菌劑：甲醛 37%　　戊二醛 2%　　高錳酸鉀 0.1%-0.25% 　　苯酚 0.1%-0.15%

　　漂白粉 5% 　　過氧乙酸 0.02%-0.2%　　酒精 75% 　　焦碳酸二乙酯 0.01%-0.1%　　煤酚皂(來蘇爾) 1%—5%

(二)輻射滅菌

　　輻射滅菌的原理是利用高能量的電磁輻射與菌體核酸的光化學反應造成菌體死亡。常用的有紫外線、X射線和γ射線。用于室內空氣及器皿表面滅菌。

(三)干熱滅菌

　　滅菌原理是利用高溫對微生物有氧化、蛋白質變性和電解質濃縮作用而殺滅微生物。常用灼燒和熱空氣消毒箱加熱，140-180℃ 1-2小時。適于對玻璃及金屬用具及沙土管滅菌。

(四)濕熱滅菌

　　滅菌原理是直接用蒸汽滅菌，蒸汽在冷凝時能釋放出大量潛熱，蒸汽具有強大的穿透力，破壞菌體蛋白和核酸的化學鍵，使酶失活，微生物因代謝障礙而死亡。水煮常壓滅菌：100℃。或飽和蒸汽滅菌：一般121℃，30分鐘。適合培養基和發酵設備滅菌。

(五)過濾除菌

　　除菌原理是利用微生物不能透過濾膜除菌。方法是使用0.01~0.45 mm孔徑濾膜，用于壓縮空氣、酶溶液及其他不耐熱化合物溶液除菌。

　　在工業生產中，對于培養基、管道、設備的滅菌，通常采用蒸汽加熱到一定的溫度，并保溫一段時間的滅菌方法，稱之為濕熱滅菌。濕熱滅菌的顯著優點是：使用方便，無污染，而且其冷凝水可以直接冷凝在培養基中，也可以通過管道排出。

      培養基滅菌大多數用濕熱滅菌。衡量熱滅菌的指標很多，MAX常用的是“熱死時間”，即在限定的溫度下殺死原有微生物中一定比例所需的持續時間。影響熱滅菌的溫度和時間的因素很多，包括：微生物種類、性質、濃度和培養基的性質、濃度等。